黄瓜（Cucumis sativus L.）是葫芦科甜瓜属一年生攀缘型草本植物，也是具有良好经济及营养价值的全球性蔬菜作物。无刺长黄瓜是一种新型的欧洲温室型黄瓜，瓜条长而顺直，果实表面光滑无刺、适合包装，口感清香，是欧美鲜食黄瓜的主要消费类型，在我国具有广阔的应用前景。纯度是作为种子质量检测的重要评价指标，直接关系到黄瓜田间产量的稳定性和可持续性，特别是在杂交种的种植过程中，自交株的出现往往会对整体产量产生负面影响。随着分子技术的持续进步，KASP（Kompetitive Allele Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR）技术已经逐渐在多个领域展现出其独特的优势，尤其是在种子纯度鉴定方面。除了纯度鉴定外，果实的保鲜技术也是影响黄瓜商品性的关键因素。果实套袋是水果栽培的常用措施，能够有效改善果实的外观品质，同时还可以防止病虫害，减少农药残留，从而提高水果的商品价值。此外，果实膨大期进行套袋有助于降低黄瓜的弯瓜率和畸形瓜率。本研究通过对3份无刺长黄瓜新组合杂交种（NAU108、NAU109、NAU110）及其亲本共7份材料进行全基因组重测序，获取SNP、InDel位点信息，结合杂交种特性及遗传背景分析，筛选出与杂交种纯度紧密相关的SNP、InDel位点，并将部分SNP位点转化为KASP标记，利用开发的KASP标记对NAU108杂交种进行标记验证和纯度鉴定；在果实膨大期对无刺长黄瓜进行套袋，研究采后贮藏期间的果实外观及品质变化。主要研究及结果如下：

1.基因组重测序质控与变异分析。数据质控后得到的高质量有效数据（Clean Reads）GC含量在37 %~38 %。与黄瓜‘9930’参考基因组比对后，结果表明7份材料测序数据质量良好；变异检测共得到1,017,015个SNP位点，244,734个InDel位点，高质量SNP共有6种变异类型，其中A/G和C/T的变异类型最多；注释结果表明，SNP、InDel变异分布最多的是基因间区，分别占比33.51%、33.67%。经过进一步特异性筛选，3份无刺长黄瓜新组合杂交种（NAU108、NAU109、NAU110）共分别获得了26、19、7个高质量SNP位点，这些位点分别可用于这3个杂交种的纯度鉴定；此外，共获得52个InDel位点可用于后续标记开发。

2.KASP-SNP开发与验证。用于鉴定NAU108纯度的26个位点中，24个成功转化KASP标记。其中13个标记表现出多态性：包括4个相同基因型分簇集中的标记；3个相同基因型分簇较分散的标记；6个杂合基因型和纯合基因型较近的标记。不可使用的11个标记的分型可分为2类：4个为相同基因型分簇过于分散的标记；7个为纯合基因型与杂合基因型无法区分的标记。

3.果实膨大期套袋对无刺长黄瓜外在品质的影响。在黄瓜座果后果长为6~10 cm时，对瓜形顺直的瓜胎进行套袋处理，商品期时连同果实一同摘下，观察果实在贮藏期间的变化。试验结果显示，套袋黄瓜在色泽、口感和整体接受度方面均优于未套袋处理黄瓜。套袋处理能够有效减缓黄瓜在贮藏过程中的腐烂和软化现象，从而延长了其货架期。

4.果实膨大期套袋对无刺长黄瓜内在品质的影响。对无刺长黄瓜果实膨大期套袋处理和对照进行贮藏期间的可溶性固形物含量等果实品质指标测定。结果显示，套袋黄瓜果实的可溶性固形物含量先上升后下降，且始终高于对照组，而维生素C含量虽也下降，但下降幅度小于对照组，且贮藏后期丙二醛含量也低于对照组。表明套袋处理能显著影响黄瓜果实的品质和生理变化，有效减缓果实维生素C的流失，保持膜系统的完整性，提高果实的贮藏性能。

Cucumber (Cucumis sativus L.) is an annual climbing herb of Cucumis in the cucurbitaceae family. It is also a globally grown vegetable crop with essential economic and nutritional value. Stingless long cucumber is a new type of European greenhouse cucumber. Its fruit is long and straight, the surface of the fruit is smooth and stingless, suitable for packaging, and the taste is fragrant. It is also the main consumption type of fresh cucumbers in Europe and America, and has broad application prospects in China. Purity, as an important evaluation index for seed quality, is directly related to the stability and sustainability of cucumber production, especially in the planting process of hybrid varieties, the appearance of self-crossbred strains often has a significant negative impact on the overall yield. With the continuous progress of molecular technology, KASP (Kompetitive Allele Specific PCR) technology has gradually shown its unique advantages in many fields, especially in the identification of seed purity. Apart from purity identification, cucumber preservation technology is also a key factor affecting its commodity. Fruit bagging is a common measure of fruit cultivation, which can effectively improve the appearance quality of the fruit, but also can prevent diseases and pests, reduce pesticide residues, and thus improve the commercial value of the fruit. In addition, bagging during fruit expansion period was helpful to reduce the rate of curved and deformed cucumbers. In this study, whole genome resequencing was performed on 3 new combinations (NAU108, NAU109, NAU110) and their parent lines to obtain SNPs and InDels. The obtained SNPs and InDels were screened with hereditary characteristics. Several SNPs were converted into KASP markers, and the developed KASP markers were used for verification and purity identification of NAU108 hybrid seeds. In addition to that, bagging of stingless long cucumber during fruit expansion period was carried out to study the changes of fruit appearance and quality during postharvest storage. The main research results are as follows:

1. Quality control and variation analysis of genome resequencing. The GC content of Clean Reads after data quality control ranged from 37% to 38%. After comparing with the reference genome of cucumber ‘9930’, the results showed that the sequencing data of all the 7 germplasms were of good quality. A total of 1,017,015 SNPs and 244,734 InDels were identified. There were 6 types of high-quality SNP variation, among which A/G and C/T were the most varied. The annotation results showed that the largest distribution of SNPs and InDels was in the intergenic region, accounting for 33.51% and 33.67% respectively. After further specific screening, 26, 19 and 7 high quality SNPs were retained, which could be used for purity identification of NAU108, NAU109 and NAU110, respectively. 52 InDels were also obtained, which can be used for subsequent marker development.

2. KASP-SNP development and verification. Of the 26 SNPs used to identify the purity of NAU108, 24 were successfully converted into KASP markers. Among them, 13 markers showed polymorphism, including 4 markers in the same genotype cluster, 3 markers in the same genotype cluster, and 6 markers in the heterozygous genotype and homozygous genotype. The rest 11 unusable markers can be divided into two categories: 4 markers that are too dispersed in clusters of the same genotype, and 7 markers that are indistinguishable from homozygous genotypes.

3. Effect of bagging during fruit expansion on external quality of stingless long cucumber. When the cucumber fruits are 6~10 cm in length after fruit set, the straight cucumber fruits were bagged and later harvested when they reach commercial mature. The harvested cucumber fruits were used to compare the storage quality. The results showed that bagged cucumbers were generally better than unbagged cucumbers in color, taste and overall acceptability. Bagging treatment can effectively reduce the rot and softening of cucumber during storage, thus extending its shelf life.

4. Effect of bagging during fruit expansion on the intrinsic quality of stingless long cucumber. Fruit quality indexes such as soluble solids content during storage were determined for the bagging treatment and control of spingless long cucumber fruits at the expansion stage.During storage, the soluble solid content of bagged cucumber fruits first increased and then decreased, and was gernerally higher than control (unbagged cucumber). Although the vitamin C content decreased, the decrease range was siginificantly smaller than control, and the malondialdehyde content was also lower than control at the late storage stage. These results demonstreated that bagging could significantly affect the quality and physiological changes of cucumber fruit during storage, effectively slow down the loss of vitamin C, maintain the integrity of the membrane system and improve the storage performance of the fruit.

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